De geestelijke leiding van de kerk is sinds 11 oktober 2020 in handen van Abuna Yuhanes BarSaliba. Hij is geboren op 11 mei 1984 in Goteborg, Zweden. In Zweden heeft hij veel werk gedaan voor de Syrisch Orthodoxe kerk, o.a. in het overkoepelend jongerenbestuur het SUKA. Ook heeft hij voor de Zweedse overheid verantwoordelijkheid gedragen voor de kerkelijke subsidies. Hij behoort tot de eerste lichting van tot-priester-gewijde-personen die in Europa zijn geboren en is daarmee een licht voor de hele Syrisch-Orthodoxe kerk.

Abuna Yuhanes heeft de kerkelijke leiding overgenomen van Gory Gabriël Kaya, die de Moeder Gods Mariakerk in Hengelo 39 jaar heeft gediend.

Gory Gabriël Kaya is geboren in het jaar 1944 in Hah, Tur-Abdin. Sinds 30 augustus 1981 was hij pastoor van de St. Johannes kerk in Hengelo. Toen de gemeenschap daar te groot werd voor het kerkgebouw, is de Mriakerk gebouwd, en is hij met het grootste deel van de gemeenschap meegekomen naar de Mariakerk. Na jaren van trouwe dienst werd hij in 1999 gewijd tot Gory-Episkopos. Nu zijn operationele taken zijn overgedragen aan Abuna Yuhanes, heeft Gory Gabriël de ambitie zich te storten op kalligrafie van oude boeken van kerkvaders in het Aramees. Inmiddels heeft hij er 96 geschreven. De gemeenschap draagt hem een zeer warm hart toe, en hij de gemeenschap.

Het kerkbestuur van de Mariakerk bestaat uit 12 personen en wordt om de drie jaar democratisch door de gemeenschap gekozen. Het kerkbestuur is verantwoordelijk voor de dagelijkse gang van zaken van de kerk zoals het beheren van de inkomsten en uitgaven, het zorg dragen voor de kerkschool, het onderhouden van contacten met andere geloofsgemeenschappen en met de gemeente Hengelo, en het ondersteunen van de pastoor.